Добрый день.
Цитата: Дир предлагает оплачивать одной суммой, например, в конце месяца по акту сверки. Вопрос, как выделять тогда НДС и можно ли его не выделять.
Не выделять НДС нельзя.
Содержание поля "назначение платежа" в платежном поручении регламентируется "Положением о правилах осуществления перевода денежных средств" утв. Банком России 19.06.2012 N 383-П.
Цитата: В платежном поручении, инкассовом поручении, платежном требовании указываются назначение платежа, наименование товаров, работ, услуг, номера и даты договоров, товарных документов, а также может указываться другая необходимая информация, в том числе в соответствии с законодательством, включая налог на добавленную стоимость.
Не конкретизировано, в каком виде должна быть представлена информация о НДС - в виде суммы или ставки налога. Если не хотите подсчитывать точную сумму НДС, можете написать "в т.ч. НДС 10%; 18%".
В любом случае, никаких налоговых последствий ни для вас, ни для поставщика это не несёт.